Los Siete Núcleos (en inglés y otros idiomas The Cores) son siete esferas con los colores del arco-iris y son la fuente de alimentación del cristal que les pertenece. Parecen ser diseñados por Akila Nay, padre de Senit. Están diseñados para soportar todo tipo de energías, pero parece que no es resistente a la oscura.
Cada núcleo alberga un tipo diferente de energía: Fuego, Sol, Electricidad, Tierra, Aire, Agua y Oscuridad. La combinación de estos forma energía cristalina, aunque el Cristal Nuclear tiene algo de esta energía. Recientes investigaciones confirmaron que estos artefactos se crearon con una tecnología bastante avanzada, lo que podría indicar que fueron fabricados con la tecnología luminaria o de Chozo.
Las diferentes energías indican que han sido canalizadas desde las Esmeraldas del Caos. Por lo que si la energía sale despedida de los núcleos, se dirigen hasta donde están las esmeraldas del caos. En Paper Yoshi 2, las Esmeraldas se situaban en los Templos Nucleares, razón por la que los protagonistas tenían que dirigirse a éstos templos para restaurar el cristal.